Jedná se o příběh jednají Mihara, který se znenadání stává součástí světa Nabari, který oplývá ninji a tajnými uměními. Jako jediný získá Shinra Banshou, schopnost, která splní svému uživateli každé jeho přání. Ale obyčejný chlapec Mihara, bez vzpomínek na svou minulost, mě s Shinra jiné plány. Nechystá se stát králem světa Nabari, jak mu bylo předurčeno, ale hodlá jej využít ke splnění jednoho přání svého přítele. Ale je zde mnoho ninjovským vesnic, které usilují o moc Shinra Banshou, a tak Miharové plány nebudu tak snadné, jak se na začátku zdálo.